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Poster, etc.

--- Poster ---

  • 川路 英哉,Jessica Severin,Marina Lizio,Andrew Waterhouse,片山 慎太郎,Alistair Forrest,鈴木 治和,Piero Carninci,林崎 良英,Carsten Daub, The FANTOM web resource: update, 分子生物学会第33回年会/生化会第83回年会 4P-1183 (2010年12月)
  • Jessica Severin, Nicolas Bertin, Hideya Kawaji, Alistair Forrest, Yoshihide Hayashizaki, Carsten O. Daub, ZENBU - a system for secured scientific collaborations, data integration and omics visualizationN, 分子生物学会第33回年会/生化会第83回年会 4P-1221 (2010年12月)
  • 桝屋 啓志,蒔田 由布子,西方 公郎,吉田 有子,高月 照江,脇 和規,田中 信彦,望月 芳樹,小林 紀郎,溝口 理一郎,古市 貞一,川路 英哉,カールステン ダーブ,林崎 良英,若菜 茂晴,吉木 淳,深海 薫,豊田 哲郎, 理研哺乳類統合データベース The integrated database of mammals in RIKEN, 分子生物学会第33回年会/生化会第83回年会 4P-1205 (2010年12月)
  • Michiel de Hoon, Ryan Taft, Takehiro Hashimoto, Mutsumi Kanamori-Katayama, Hideya Kawaji, Mitsuoki Kawano, Mami Kishima, Timo Lassmann, Geoffrey Faulkner, John Mattick, Carsten Daub, Piero Carninci, Jun Kawai, Harukazu Suzuki, Yoshihide Hayashizaki, Cross-mapping and the identification of editing sites in mature microRNAs in high-throughput sequencing libraries, 分子生物学会第33回年会/生化会第83回年会 4P-0810 (2010年12月)
  • 梶山 和浩,Morana Vitezic,林崎 良英,川路 英哉Computational discovery of trascriptional regulatory motifs using siRNA knochdown and high-throughput sequencing technology, 分子生物学会第33回年会/生化会第83回年会 3P-0687 (2010年12月)
  • 川野 光興,河津 知佳,リッチオ マリーナ,川路 英哉,甲斐田 薫,荒川 貴博,カルニンチ ピエロ,鈴木 治和,林崎 良英, Reduction of non-insert sequence reads by LNA oligonucleotide for small RNA deep sequencing, 分子生物学会第33回年会/生化会第83回年会 2P-1190 (2010年12月)
  • 川路 英哉, Jessica Severin, Marina Lizio, Andrew Waterhouse, 片山 慎太郎, Alistair Forrest, Piero Carninci, Yoshihide Hayashizaki, Carsten Daub, The FANTOM web resource分子生物学会第32回年会 1P-0025 (2009年12月)
  • 川野 光興, Minoo Rassoulzadegan, 川路 英哉, 林崎 良英, マウス初期胚の核に局在する精子特異的マイクロRNA様小分子RNA分子生物学会第32回年会 4P-0654 (2009年12月)
  • 川野光興, ミノー・ラソーザデガン, 川路英哉, 林崎良英, マウス初期胚の核に局在する精子特異的miRNA- like small RNA日本RNA学会 第11回年会 P-96(2009)
  • Kawaji H, Nakamura M, Takahashi Y, Sandelin A, Katayama S, Fukuda S,  Daub O.C,  Kai C, Kawai J, Yasuda J, Piero C, and Hayashizaki Y,Hidden layers of small RNAs from HepG2BMB2007, 1P-0591.
  • Kawaji H, Nakamura M, Takahashi Y, Sandelin A, Katayama S, Fukuda S,  Daub O.C,  Kai C, Kawai J, Yasuda J, Piero C, and Hayashizaki Y,Hidden layers of human small RNAsIMGC2007, P53.
  • Kawaji H, Nakamura M, Takahashi Y, Sandelin A, Katayama S, Fukuda S,  Daub O.C,  Kai C, Kawai J, Yasuda J, Piero C, and Hayashizaki Y,Independent layers of small RNAs from HepG2GenomeInformatics2007.
  • Horibata A, Matsui K, Inoue E, Yoshihiro T, Kawaji H, Nakagawa M,  Okumoto Y, Nakazaki T, and Tanisaka T,  Transposon Tagging of Insertional Mutant Genes on Agronomic Traits  Induced by the Endogenous Active MITE, mPing in Rice (Oryza Sativa L.),   The Plant Gems Venice 2006, p.280.
  • 井上悦子, 吉廣卓哉, 川路英哉, 村上英宗, 根来圭一, 花田裕美, 和中学, 中川優. 果樹のストレス耐性比較システムの構築園芸学会平成18年度春季大会(2006年3月)
  • 川路 英哉, 片山 慎太郎, 甲斐 誓利, 河合 純, カルニンチ ピエロ, フリス マーティン, 林崎 良英. 共通のプロモータ内で組織特異的に用いられる転写開始点の探索, 分子生物学会第28回年会 (2005年12月)
  • 家戸 敬太郎, 無津呂 淳一, 新田 理枝, 川路 英哉, 吉廣 卓哉, 田丸 浩, 村田 修, 熊井 英水. マダイ胚cDNAデータベースの構築とcDNAマイクロアレイの作成, 分子生物学会第28回年会 (2005年12月)
  • 川路 英哉, 松田 秀雄, 橋本 昭洋. 新規モチーフ機能予測のための統合ブラウザ, 分子生物学会第24回年会 (2001年12月)
  • 川路英哉, 松田秀雄, 近藤伸二, 河合純, 林崎良英, 橋本昭洋. マウス完全長cDNAシーケンス解析における共通保存領域の探索, 分子生物学会第23回年会 (2000年12月)
  • 山口陽介, 長尾充大, 川路英哉, 竹中要一, 松田秀雄, 橋本明洋. 配列集合からの共通保存領域検出のためのクラスタリング手法, 分子生物学会第23回年会 (2000年12月)
  • 長尾充大, 山口陽介, 川路英哉, 竹中要一, 松田秀雄, 橋本明洋. 統計的スコアに基づく局所マルチプルアライメントアルゴリズム, 分子生物学会第23回年会 (2000年12月)

--- Books, talks, ...etc. ---

  • Hideya Kawaji, High throughput sequencing data analysis, BrainTrain Workshop (2013), lecturer
  • Hideya Kawaji, Bioinformatics aspects on epigenomics data analysis, Karolinska Institutet - RIKEN Joint International Doctoral Course (2013), lecturer
  • 川路英哉, FANTOM5 project: 一分子シーケンサで測定するプロモータレベルでの発現地図, NGS現場の会 第三回年会 (2013)、招待講演
  • 川路英哉, 横浜市立大学 生体超分子システム科学専攻 2012年 バイオエキスパート体験シリーズ 「ゲノムブラウザで見る遺伝子の構造」 講師
  • Hideya Kawaji, FANTOM overview, EBI Roadshow at RIKEN Yokohama (2011), lecturer
  • 川路英哉, Alternative structures of primary miRNAs, NGS現場の会 (2011)
  • Kawaji H., Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throughput sequencing, RNA2011 (2011)
  • 川路英哉, Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throughput sequencing, 中央大学理工学部物理学科 セミナー (2011)
  • Hideya Kawaji, Identification and activity profiling of promoters with NGS, Biocuration 2010, invited talk.
  • Hideya Kawaji and Yoshihiden Hayashizaki, Promoter Profiling Driven Analysis of Transcriptional Regulatory Network, Sage Commons Congress (2010).
  • Kawaji H, Suzuki H, Forrest AR, van Nimwegen E, Hume DA, Severin J, Daub CO, Carninci P, Kawai J, Hayashizaki Y, and the FANTOM Consortium. Integrated high-throughput technologies in FANTOM4 delineating dynamic transcriptome and its regulation in the course of a cell differentiation, MGED12 (2009),talk.
  • Kawaji H, Chapter 10: Databases for CAGE Visualization and Analysis, CAP-ANALYSIS GENE EXPRESSION (CAGE) The Science of Decoding Genes Transcription (edited by P. Carninci; Pan Stanford Publishing) ISBN:9814241342
  • オープンバイオ研究会編, オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス, (2008) ISBN:4501622601 執筆協力
  • R.ジェントルマン (著), R. ジェントルマン (編集), V.J. カリー (編集), W. フーバー (編集), R.A. イリザリー (編集), S. ドュドイト (編集), 荒川和晴 (翻訳), 粕川雄也 (翻訳), 川路英哉 (翻訳), 河野 信 (翻訳), 神田将和 (翻訳), 鈴木治夫 (翻訳), 田中伸也 (翻訳), 中尾光輝 (翻訳), 長嶋剛史 (翻訳), 二階堂 愛 (翻訳), 宮本真理 (翻訳) , RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス, シュプリンガー・ジャパン (2007). ISBN:4431734643
  • 川路英哉, オープンスペースセッション企画, オープンバイオ研究会 第3回 (2006年3月) [企画]
  • 川路英哉,粕川雄也, VISUALBIO Annotation と FANTOM System (II) 〜機能アノテーションの付与, VISUALBIO Web Seminar 第二回 (2004年3月)
  • M. Tagaya, I. Nikaido, H. Kawaji, T. Nagashima, T, Nakazato and JAMBO (Japan EMBOSS Users Group), EMBOSS を用いた配列解析の手引き(Introduction to Sequence Analysis using EMBOSS の翻訳), JAMBO チュートリアル翻訳プロジェクト (2004年2月)
  • 川路英哉,粕川雄也, VISUALBIO Annotation と FANTOM System (I) 〜概要 , VISUALBIO Web Seminar 第一回 (2003年3月)
  • 川路英哉, 技術の深層「遺伝子の機能予測」, SO-, vol.14, pp.10-11,NTTソフトウェア株式会社 (2000年7月), SO-, vol.14